随着X档案的关闭，福克斯·穆德和丹娜·斯科莉被迫调任处理一些平常的案件。某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。爆炸还是夺取了4名无辜者的性命。事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究，并且他们的研究足以导致人类的毁灭。两名搭档决定彻查此事，但是神秘且难以抗拒的力量无时无刻不在阻挠...